Вода – естественная среда обитания многих микроорганизмов. Они широко распространены в озерах, реках, морях, океанах. Их больше бывает в прибрежной зоне и на поверхности, меньше – вдали от бе¬рега и в грунтовых водах. Степень микробной контаминации воды за¬висит от многих факторов: содержания органического вещества, рас¬положения и степени загрязненности водоема, скорости течения воды, температуры окружающей среды, времени года, содержания питательных веществ, глубины водоема, выпуска сточных и промышленных вод и т. д. Микробные биоценозы в проточной воде рек весьма нестойки, они быстро меняются в зависимости от изменения состава вод, де¬ятельности человека, факторов окружающей среды. В сравнительно чистых водоемах встречаются не требовательные к питательному суб¬страту разнообразные сапрофиты, поступающие из почвы. К ним от¬носятся представители родов Azotobacter, Nitrobacter, Achromobacter, Micrococcus, Proteus, Pseudomonas и др. При поступлении в воду большого количества органических веществ в ней обнаруживаются клостридии и другие анаэробы, вибрионы, спирохеты и т. д.
Загрязнение водоемов патогенными, условно-патогенными микроорганизмами происходит в результате поступления в них из населенных пунктов канализационных бытовых вод, богатых органическими соединениями, а также промышленных вод. Микроорганизмы почвы, вымываемые грунтовыми водами, загрязняют водоемы. При загрязнении водоемов сточными водами в них обнаруживаются Е. coli, Citrobacter, Enterobacter, Str. faecalis.
Вода является важным звеном в передаче возбудителей многих инфекций, главным образом кишечных. Через воду может происходить заражение брюшным тифом, дизентерией, холерой, инфекционным гепатитом, лептоспирозами и т. п. Вместе с водой в организм могут попасть цисты патогенных простейших, яйца паразитических червей. Некоторые заболевания вирусной природы также могут передаваться через воду, хотя водный путь для большинства вирусов не считается главным. Основной источник кишечных вирусов – это бытовые сточ¬ные воды, сброс которых в водоем приводит к загрязнению источника водоснабжения. Условно к кишечным вирусам относят вирусы, обна¬руживаемые в кишечнике человека: энтеровирусы (вирус полиоми¬елита), вирус инфекционного гепатита типа А, некоторые аденови¬русы.
Возможность распространения кишечных вирусов водным путем зависит от их выживания в воде, то есть способности переживать ко¬лебания условий внешней среды. Доказано, что вирус полиомиелита в речной воде сохраняет свою жизнеспособность 11 сут., а в водопроводной – до 37; снижение температуры до 4–6°С способствует увели¬чению этого срока до 3 мес.
Микробное сообщество воды может быть автохтонное – собственное, порожденное средой обитания, и аллохтонное – поступив¬шее извне.
В зависимости от степени микробной контаминации воды водо¬емы делятся на три зоны.

Полисапробная зона характеризуется развитием микробиоценозов в сильно загрязненной воде. Микробиологические процессы проходят в почти анаэробных условиях, так как в такой среде быстро поглоща¬ется О2. В процессе разложения образуются метан, меркаптаны, сероводород, в результате появляется неприятный запах. Количество мик¬робов в 1 см3 воды составляет несколько миллионов.

Мезосапробная зона – в ней сильнее происходит минерализация, а также идут процессы окисления и нитрификации. Общее число мик¬робов не превышает 100 000 в 1 см3 воды.

Олигосапробная зона – в ней в 1 см3 воды содержатся десятки или сотни микробных клеток, кишечная палочка отсутствует. В воде много кислорода.
В состав микробиоценозов входят различные водоросли, простейшие, плесневые грибы и другие микроорганизмы.
По происхождению вода подразделяется на атмосферную (дождевая, снеговая), поверхностную (речная, озерная, прудовая) и подзем¬ную (грунтовая, колодезная, ключевая).

Атмосферная вода. В ней содержится небольшое количество мине¬ральных веществ, поэтому она мягкая, безвкусная. В 1 см3 дождевой воды может содержаться от 300–450 до 1000 микробных клеток.

Речная вода. Содержание в ней микробов зависит от времени года, питающих ее источников, территории, по которой протекает река, и также степени антропогенного загрязнения. Весной и осенью, в пе¬риод половодий и дождей, численность микроорганизмов резко воз¬растает. Наряду с сапрофитами в ней могут быть и возбудители заболеваний: лептоспироза, сальмонеллеза, туляремии, бруцеллеза, сибирской язвы и других болезней. Количество микробов в 1 см3 воды в Москва-реке колеблется от 0,4 до 1,3 млн., в Неве – от 0,2 до 0,6 млн., примерно такое же количество в реках Урал, Волга; вблизи крупных городов эта величина достигает 13 млн. микробов.

Подземные воды. Они содержат микробов меньше, чем поверхност¬ные воды, так как в процессе фильтрации большинство из них задер¬живается почвой. Микроорганизмы в подземную воду попадают по пути ее следования – с поверхности или из воздуха. Артезианская и ключевая воды имеют постоянную температуру, в них почти отсут¬ствуют загрязнения и микроорганизмы.