Микроорганизмами – индикаторами вторичного заражения счи­тают уксуснокислые бактерии Acetobacter pasteurianus и Gluconobacter frateurii, которые образуют слизистые капсулы. Эти капсулы защи­щают микроорганизмы, инфицирующие пиво, от высыхания и дей­ствия дезинфектантов. В частности, под прикрытием этих капсул развиваются молочнокислые бактерии. Кроме того, в них могут раз­множаться такие облигатные анаэробы, как Pectinatus и Megasphaera, которые потребляют молочную кислоту, образуемую молочнокис­лыми бактериями. Развитию этих анаэробов способствует также по­вышение рН, вызванное автолизом клеток.

К микроорганизмам – индикаторам вторичного заражения также от­носят дрожжи родов Candida, Hansenula, Pichia, Brettanomyces, Rodotorula и плесневые грибы родов Aureobasidium, Dimatium и Geotrichum.