На основании возможностей и преимуществ данного метода сформулируем те направления исследований в современной инфекционной и инвазионной патологии, которые можно ре­шать с помощью полимеразной цепной реакции:

• • ПЦР – незаменимый инструмент при идентификации и молекулярно-генетических исследованиях практически всех внутриклеточных, мембранных и прочих организмов, нахо­дящихся в различном биологическом состоянии на разных стадиях развития патологического процесса;
• ПЦР позволяет проводить определение антибиотикорезистентности у медленнорастущих и труднокультивируемых ор­ганизмов;
• технология ПЦР коренным образом изменила способы мар­кирования штаммов организмов для целей эпидемиологи­ческого анализа, тем самым расширив его возможности;
• таксономия микроорганизмов. В последние годы с этой целью начали применять метод ПЦР с произвольными праймерами, который по ряду параметров имеет преимуще­ства перед другими молекулярно-генетическими методами (ДНК-гибридизация, геномная дактилоскопия и т.д.);
• в качестве исследуемых образцов в реакцию можно брать любые биологические жидкости, клетки, ткани и объекты внешней среды, причем не только содержащие свежую ДНК (РНК), но и парафинированные и формалинизированные срезы, высушенные и мумифицированные ткани, содержа­щие фрагментированную ДНК.