Многочисленные типы симбиоза, возникшие в процессе эволю­ции, показывают, что симбионты выполняют ряд функций – это за­щита, предоставление благоприятного положения, обеспечение аппа­рата узнавания и питания.

Защита. Эндосимбионты, а также те эктосимбионты, которые жи­вут в полостях тела, защищены от неблагоприятных условий среды. Например, нормальная микробиота кишечника человека предохра­няет от внедрения и развития в нем патогенных микроорганизмов. Дрожжи и молочнокислые бактерии, используемые в производстве кваса, также вступают во взаимовыгодные отношения на первых эта­пах сбраживания квасного сусла. Молочнокислые бактерии, синтези­руя молочную кислоту, создают благоприятные условия для дрожжей вследствие снижения рН среды, а продукты жизнедеятельности дрож­жей – витамины – стимулируют жизнедеятельность бактерий.

Предоставление благоприятного положения. Чаще всего одному партнеру (или нескольким партнерам) предоставляется более благо­приятное положение в отношении снабжения питанием. Так, разные виды морских инфузорий находятся на поверхности тела ракообраз­ных, где потоки веществ, создаваемые в результате дыхания и питания хозяина, обеспечивают им постоянное снабжение пищей.

Обеспечение аппарата узнавания (сигнальная функция). Это проис­ходит, например, в случае биолюминесценции, которая была зафик­сирована у медуз, земляных червей, кальмаров и рыб. Излучение света этими животными, по-видимому, служит своего рода приспособле­нием для распознавания, способствуя собиранию их в стаю, спарива­нию или привлечению добычи. В большинстве случаев люминесцен­ция возникает в тканях самого животного, но у определенных видов кальмаров (каракатицы) и некоторых рыб ее осуществляют светящи­еся бактерии, живущие как эктосимбионты в особых органах хозя­ина.

Обеспечение питания. Это наиболее общая функция симбионтов. Обеспечение может быть косвенным, как в случае грибов. Контаминируя корни растений, они увеличивают водопоглощающую способ­ность корневой системы. Однако чаще всего снабжение пищей явля­ется прямым. Это происходит в рубце животных. Целлюлоза, которая является главным компонентом растений, не переваривается фер­ментами животных, и ее расщепление осуществляют симбиотические бактерии и простейшие, которые обитают в рубце. В данном случае питательными веществами снабжаются оба симбионта.