Из всех объектов внешней среды наибольшее количество микро​организмов содержит почва, так как в ней микробы находят благопри​ятные условия для своей жизнедеятельности: влагу, питательные веще​ства, защиту от губительного действия прямых солнечных лучей.

Велика роль микроорганизмов в формировании почвы. Благодаря им она приобретает свойство живой системы. В 1 г чернозема содер​жится от десятков миллионов до нескольких миллиардов микробных клеток, а общая биомасса их достигает 5 т/га. Микробы в почве рас​пределены неравномерно: их больше в верхних слоях и вблизи рас​тений. Чем дальше от поверхности почвы, тем микроорганизмов становится меньше, а на глубине 2–3 м их обычно не бывает. В чер​ноземах и сероземах микробов больше, в глинистых и песчаных поч​вах – меньше. В начале лета и осенью количество микробов больше, в другое время года – меньше. Их количество зависит также от влаж​ности воздуха, содержания органического вещества, погоды и других факторов. В микробное сообщество почвы входят водоросли, плесне​вые грибы, актиномицеты, бактерии и другие организмы.

Водоросли – первые обитатели формирующихся почв – содержат хлорофилл и располагаются в верхних слоях, где достаточно влаги и света. Водоросли имеют в своем составе пигменты, в связи с чем их делят на сине-зеленые, зеленые и диатомовые.

Содержание пигментов позволяет им с помощью энергии солнца усваивать углерод из воздуха, а азот и другие минеральные вещества – из почвы. В глубоких слоях, где отсутствует свет, они используют энер​гию разложения органических веществ, таким образом, водоросли могут жить как высшие растения и грибы. Живя в почве, водоросли синтезируют органические вещества, фиксируют азот из воздуха и тем самым повышают ее плодородие.

Микроскопические грибы – бесхлорофилльные организмы. Базидиомицеты чаще встречаются в лесных почвах, они вместе с высшими растениями образуют микоризу (грибокорень). Мицелиальные грибы наиболее распространены в кислых, богатых органическими веще​ствами и хорошо аэрируемых почвах. В северных и прилегающих к ним районах чаще встречаются мукоровые и пеницилловые грибы, а в южных жарких районах – аспергилловые. Грибы расщепляют до 50% клетчатки и более. Они играют важную роль в образовании гу​муса, повышают плодородие почвы. В 1 г поверхностного слоя почвы насчитывается до 1 млн. грибов. Реже других грибов в почве встреча​ются дрожжи.

Актиномицеты обитают в нейтральных или щелочных, хорошо аэрируемых, содержащих достаточное количество органических веществ, но небогатых влагой почвах. Численность актиномицетов в 1 г почвы – несколько десятков миллионов. Актиномицеты разру​шают органическое вещество и делают многие элементы доступными для высших растений. Среди актиномицетов много продуцентов ан​тибиотических веществ, что позволяет им поддерживать равновесие микроорганизмов в зоне обитания.

Бактерии – самая многочисленная группа микроорганизмов, яв​ляющихся прокариотами. По форме различают сферические, палоч​ковидные и извитые бактерии. В 1 г почвы содержится несколько десятков миллионов бактерий. К ним относятся автотрофы и гетеротрофы, возбудители многих процессов (аммонификации, нитри​фикации, фиксации азота, превращения серы, железа и ряда других элементов в почве), что повышает биологическую активность почвы, а имеете с тем и плодородие.

Кроме сапрофитных микроорганизмов в почве постоянно обнару​живаются возбудители инфекционных заболеваний, которые попа​дают в нее вместе с трупами, выделениями животных, с разнообраз​ными органическими отбросами в виде фекалий, навоза, мусора и т. д. В почве встречаются в большом количестве непатогенные и патоген​ные клостридии (Clostridium tetani, Cl. perfringens, Cl. botulinum). Через почву могут передаваться возбудители туберкулеза, бруцеллеза, чумы, туляремии, дизентерии, брюшного тифа, паратифов, холеры, сибир​ской язвы, ботулизма, рожи свиней, столбняка и др. Патогенные, не образующие спор бактерии (возбудители тифа, дизентерии) сохраня​ются в почве сравнительно недолго – от 2 нед. до 12 мес., а споры бакте​рий, например сибирской язвы, – годами. Из инфицированной почвы микробы порой попадают в грунтовые воды и открытые водоемы, которые могут стать источником распространения инфекционных заболеваний. Учитывая эпидемиологическую роль почвы как фактора распространения инфекционных заболеваний человека и животных, при решении вопросов, связанных с планировкой и строительством водохранилищ, пищевых предприятий, обязательно проводят микро​биологическое исследование почвы.