Растения окультуренных почв в большей степени загрязнены микро­организмами, чем растения лесов и лугов. Особенно много микроор­ганизмов содержится в нижней прикорневой части растений, что свя­зано с попаданием микроорганизмов из почвы. В большом количестве обнаруживаются микроорганизмы на растениях, растущих на полях орошения, свалках, вблизи складирования навоза, в местах выпаса скота. При этом растения могут загрязняться патогенными микроор­ганизмами и могут быть хорошей питательной средой для размноже­ния микроорганизмов. Одним из способов, препятствующих их росту на растениях, является процесс высушивания растений. Микроорганиз­мы в жизни растений выполняют функцию средообразования и общего питания. Они осуществляют разложение и минерализацию раститель­ных остатков и органического вещества в целом, высвобождая и воз­вращая в почву минеральные элементы, необходимые для роста расте­ний, а в атмосферу – СO2 и некоторые другие газы. Микроорганизмы продуцируют стимуляторы роста и токсические для растений вещества. Микроорганизмы фактически создают почву. Бактерии играют ключе­вую роль в обеспечении экосистем азотом. Активными и наиболее из­ученными азотфиксаторами являются симбиотические азотфиксирующие бактерии, особенно представители родов Rhizobium, Bradyrhizobium и Azospirillum. Существенную роль микроорганизмы, а именно грибы, играют и в обеспечении растений фосфором. В других случаях, напри­мер погло­щая из почвы микроэлемент цинк, микроорганизмы могут способствовать заболеванию растений. Ризосферные микроорганизмы могут оказывать и прямое защитное действие одних растений относи­тельно других. Микроорганизмы оказывают на растения и много не­гативных воздействий. Кроме прямого паразитизма микроорганизмов на растениях, имеют место и опосредованные негативные воздействия. Растения являются источниками питания для микроорганизмов, в пер­вую очередь для гетеротрофных организмов, как аэробных, так и ана­эробных. В некоторых случаях в переувлажненных почвах корневые выделения растений служат непосредственными источниками углерода и энергии. Растения осуществляют физическую защиту микроорганиз­мов, а также участвуют в их распространении. Во время роста растений имеет место физический перенос микро­организмов как в глубь почвы, так и на поверхность, в надпочвенное пространство, и, следовательно, наряду с животными растения служат переносчиками, или, как их еще называют, векторами, для микроорганизмов. При поедании растений животными разного уровня организации микроорганизмы попадают в желудочно-кишечный тракт этих живот­ных. При этом часть микроор­ганизмов погибает, подвергаясь физико-химическим и биологическим (ферментативным) воздействиям. Другая часть с экскрементами опять попадает на поверхность растений и в почву.

Фитопатогенов среди грибов гораздо больше, чем среди бактерий.

К фитопатогенным микроорганизмам относят бактерии, вирусы и грибы. Болезни, вызываемые бактериями, называют бактериозами. Среди возбудителей бактериозов встре­чаются псевдомонады, микобактерии, эрвинии, коринебактерии, агробактерии и др. Передача воз­будителей бактериозов происходит через зараженные семена, остатки больных растений, почву, воду, воздух, путем переноса насекомыми, моллюсками, нематодами. В условиях повышенной влажности, низкой температуры на вегетирующих или скошенных растениях могут разви­ваться грибы родов Fusarium, Penicillium, Aspergillus и др., вызывающие у людей микотоксикозы.

Фитопатогенные микроорганизмы вызывают инфекционные болез­ни. Заражение растений происходит через инфицированные семена, почву, грунтовые и дождевые воды, насекомых. Основным источником является почва, так как в ней содержатся остатки неперегнивших рас­тений. Фитопатогенные микробы могут проникать в растения через естественные образования и повреждения. Некоторые микроорганизмы вырабатывают ферменты, лизирующие кутикулу растений и облегчаю­щие внедрение возбудителя. Попав в растение и достигнув критической концентрации, микроорганизмы вызывают заболе­вания. Различают общие поражения всего растения вследствие распространения воз­будителя в сосудистой системе и местные или очаговые – поражения на листьях, стволах, ветвях, корнях и корневищах, возникающие при интрацеллюлярном распространении. По совокупности анатомических и физиологических изменений определяют тип болезни растений: камеде-, смоло-, слизетечения. Чаще вызывают бактерии рода Erwinia и актиномицеты (Ascomycetes), наблюдают у лиственных и хвойных деревьев. Большое разнообразие заболеваний растений вызывают различные микроорганизмы: бактерии родов Pectobacterium, Erwinia, Pseudomonas, Agrobacterium и грибов Ascomycetes, Corynebacterium и не­совершенные грибы.

Принципиально важным является отклонение от нормы обменных процессов вплоть до качественных изменений клеточных структур у больных растений, что приводит к изменению химического состава тканей и снижению содержания активных веществ. Использование их в качестве сырья в аптечных условиях становится невозможным. Расти­тельный организм обладает защитными механизмами, противодейству­ющими внедрению и размножению фитопатогенных бактерий. К ним можно отнести особенности покровных тканей, высокую кислотность клеточного сока, образование биологически активных веществ – фи­тонцидов, подавляющих развитие микроорганизмов. Лекарственное сырье загрязняется микробами во время сборки, сушки, измельчения, упаковки, хранения – признаки порчи лекарственного сырья, измене­ние цвета, гниение.