За последние два десятилетия произошли значительные изменения в таксономии и номенклатуре ОАБ (облигатно анаэробных бактерий), связанные с прогрессом в молеку­лярном секвенировании генов, коди­рующих РНК малых рибосомальных субъединиц (16S рРНК), что об­условливает необходимость естественной классификации, отражающей эволюцию бактерий. Многочисленные таксономические перестановки способствовали появлению новых комбинаций, которые наряду с от­крытием неизвестных ранее видов ОАБ существенно расширили но­менклатуру анаэробов.

Последовательность нуклеотидов в 16S рРНК обеспечила основу для подтверждения филогенетических связей и описания главных так­сономических группировок [89]. Причи­на того, что эти нуклеотидные последовательности оказались столь ценными как маркеры, состоит в том, что структурные молекулы рибосомальной РНК являются ос­новными элемен­тами для синтеза белка во всех клеточных системах. Эволюционно эта структура более консервативна. Пределы расхожде­ния обозначают, что эти маркеры выражают общие сохраненные соот­ветствующие последовательности даже между отдаленно связан­ными видами. Индивидуальные линии происхождения позволяют использо­вать их как хронометр развития [88].

Примером удачного использования этого метода являются дости­жения в таксономии Clostridium.

Впервые всесторонне род Clostridium был охарактеризован Празмовским в 1880 г. Его труды являются наиболее признанными. Род Clostridium является гетерогенной группой бактерий с небольшим числом общих признаков, которые включают морфологию, окраску по Граму, формирование термоустойчивых эндоспор, анаэробный рост, фермен­тативный метаболизм без способности к расщеплению сульфа­тов, и геномную РНК с низким процентом содержания G-C оснований. Однако некоторые группы клостридий проявляют вариации этих при­знаков. Встречается образование коксоидных клеток, также имеются вариации и в физиологии, включающие способность роста на возду­хе при атмосферном давлении. Формирование эндоспор проявляется в таксономически отдален­ных видах. Clostridium представляет собой не единственный род, формирующий споры. Для них характерна зна­чительная генетическая разнородность, представленная множест­вом независимых образований в пределах таксонов Clostridium/Bacillus, ко­торые включает многие неклостридиальные виды.

В условиях практических бактериологических лабораторий сохраня­ет значение диффе­рен­циация ОАБ по морфологии клеток и способно­сти окрашиваться по Граму, что в известных пределах отражает характер строения пептидогликана клеточной оболочки. Главным достоинством такой классификации является простота, однако ее недостатки очевид­ны, поскольку размеры и форма клеток бактерий могут варьировать в пределах рода и даже вида, а отдельные представители ОАБ характе­ризуются вариабельностью при окраске по Граму в зависимости от воз­раста бактериальной культуры. Значительно менее удобная, но научно обоснованная классификация по генотипической гомологии позволяет проследить филогенетическое родство ОАБ, не зависящее от сходства или различий в морфологических и тинкториальных признаках. Иден­тичные по морфологии и по окраске по Граму ОАБ могут принадлежать не только к разным семействам, но и классам бактерий. И напротив, в одном семействе могут находиться близкородственные грамполо­жи­тельные и грамотрицательные кокковидные и палочковидные ОАБ [90].

Стандартные фенотипические бактериологические исследования, определяющие разно­образие морфологических, биохимических, фи­зиологических и метаболических свойств, продолжают играть важную роль в систематике клостридий. Классические бактериологические ис­следования включают методы, предназначенные для оценки следу­ю­щих характеристик: 1) морфология колоний на твердых средах и внеш­ний вид в жидких средах; 2) морфология клетки, включающая размер и форму клетки, морфология эндоспор, прикрепленных структур и продукция внеклеточной капсулы, внутриклеточных гранул, реакции окрашивания и ультраструктура клеточной стенки; 3) характеристики роста, включая верхний, нижний пределы и оптимум температур, рН и других ростовых параметров; 4) степень анаэробиоза и требований к атмосфере; 5) потребление и утили­зация сахаров и аминокислот; 6) способность разрушать макромолекулы включающие углеводы и бел­ки; 7) тип метаболизма и конечные продукты распада; 8) способность использовать сложные соединения как единственные источники угле­рода для энергии и роста; 9) способность использовать сложные соеди­нения как источник азота и метаболизм азота; 10) ингибиторные тесты разных типов; 11) образование токсинов и экзоферментов.

Развитие быстрых и надежных аналитических методов в химии и молекулярной биологии обеспечило изобилие новой информации относительно химического состава бактериальных клеток. Широкий ряд аналитических подходов применяется в хемо­систематике. Одним из ограничений в использовании хемосистематических данных в целях классификации является влияние условий окружающей среды, которые могут отразиться на химическом составе клеток. Бактерии могут видо­изменять химический состав многих классов макромолекул в значи­тельной мере в ответ на колебания окружающей среды. В пределах рода Clostridium хемосистематический анализ во множестве случаев являлся ценным дополнением к традиционным методам, использу­емым для классификации и идентификации, и способствовал образованию при­родной филогенетической классификации для членов рода. Вклад хемотаксономического анализа в таксономию клостридий главным образом касался наиболее высоких таксономических группировок. Множество других методов идентификации имеет потенциальное приме­нение для определения видов и штаммов. Они включают определение бактериоцинов, определение бактериофагов и серотипирование, которые развились и применялись с различной эффективностью для разнообразных бактерий.

До установления филогенетической систематики многие клостри­диальные виды оста­ва­лись неадекватно охарактеризованными и некор­ректно классифицированными, создавая продолжающиеся таксономи­ческие трудности. При появлении новых знаний и понимания эволю­ционных отношений, основанных на соответствии последовательности 16S РНК, стало очевидным, что есть много случаев, где генотипические свойства группы коре­лируют с распределением классических фенотипических признаков, используемых для идентификации. Одни фенотипические характеристики недостаточны для определения кло­стридиальных видов. С другой стороны, как только были установлены генетические связи, стало возможно выбирать с определенной уверен­ностью те фенотипические приз­на­ки и испытания, которые могут быть использованы для быстрой и надежной иденти­фикации. В том случае, если вид не может быть идентифицирован на основании соот­ветствия последовательности 16S РНК, могут быть полезными методы гибриди­зации ДНК/ДНК и определение геномной ДНК