СПМ условно разделяют на 3 группы.

Первая группа включает обитателей кишечника человека, их рас­ценивают как индикаторы фекального загрязнения. В нее входят бак­терии группы кишечной палочки (колиформные бактерии), энтеро­кокки, сульфитвосстанавливающие клостридии (включая Clostridium perfringens), коли-фаги.

Вторая группа включает обитателей верхних дыхательных путей и носоглотки, которые являются индикаторами воздушно-капельного загрязнения среды. В нее традиционно включали стрептококки и ста­филококки, однако в настоящее время СПМ воздушной среды принято считать только стафилококки.

Третья группа включает сапротрофные микроорганизмы, обита­ющие во внешней среде. Это индикаторы процессов самоочищения. В нее входят бактерии-аммонификаторы и нитрификаторы, некоторые спорообразующие бактерии, актиномицеты, цианобактерии и грибы.