Прорастающее и развивающееся из семени в почве растение сталки­вается с различными микроскопическими биологическими объектами: микроскопическими животными, простейшими, грибами, бактериями и вирусами. Будущее растение (рис. 9) контактирует с этими объектами, как формирующейся корневой системой, так и будущей надпочвен­ной частью – стеблем, пока проростком. Корень контактирует с не­специ­фическими для него микроорганизмами, т. е. такими, контакт с которыми не приводит к его инфицированию, и со специфическими, инфицирующими корень микроорганизмами. Среди инфицирующих имеются непатогенные и типичные патогены. К непатогенным отно­сятся, например, клубеньковые бактерии, а из грибов – микоризные (эндо- и эктомикоризные).

Рис. 9. Развитие растения из семени в почве и контакт микроорганизмов почвы с формирующейся корневой системой

Пространство и почву, окружающие формирующийся корень, на­зывают ризосферой, первое определение понятия ризосферы было дано Хилтнером в 1904 г. В настоящее время под ризосферой понимают про­странство вокруг корня от 0 до 2–8 мм в диаметре, в котором имеет ме­сто более обильное развитие микроорганизмов из-за стимулирования их роста корневыми экссудатами (выделениями), а в более широком смысле – корневыми депозитами. Пространство ризосферы иногда на­зывают еще эндоризосферой, включая в это понятие и ткани самого корня в противовес ризоплане, под которой подразумевают только то, что находится непосредственно на поверхности корня и прикреплено к корню. Корневые экссудаты представляют собой низкомолекулярные органические вещества, продукты фотосинтеза и метаболизма растения. К ним относятся сахара, органические и аминокислоты, спирты, гор­моны, витамины и др. Эти вещества «утекают» из зоны вблизи кончика корня, точнее зоны «растяжения» корня в процессе его роста и развития.

Корневые ризодепозиты – более широкое понятие. Они включают не только экссу­даты, но и все другие вещества – высокополимерные слизи полисахаридной и белковой природы, ферменты, отмирающие и слущивающиеся поверхностные клетки с их содержимым, куски тка­ней, в частности, кортекс верхних стареющих участков корня, корневой чехлик, корневые волоски, летучие органические вещества и др. Счита­ют, что в виде ризодепозитов растение теряет более 30–40 % продуктов фотосинтеза.