Большинство эндомикоризных грибов в процессе взаимодействия с растениями образуют морфологически особые структуры, везикулы и арбускулы, из-за чего ее часто называют везикулярно-арбускулярной микоризой (ВАМ). После проникновения в корень (обычно это кор­невой волосок) гифа растет в двух направлениях – к кончику и осно­ванию волоска. В клетках кортекса корня гифы образуют дихотомиче­ски ветвящиеся структуры – арбускулы. Также гифы грибов образуют и других клетках кортекса корня пузырько­видные вздутия – везикулы. Считается, что именно через эти структуры происходит химическое взаимодействие гриба и растения.

ВАМ возникает на корнях как однолетних, так и многолетних диких и культурных растений, в том числе пшеницы, кукурузы, многих пасле­новых, винограде и др. Мико­ризные грибы имеют много особенностей. Они являются многоядерными, в цитоплазме многих ВАМ, таких как Glomus caledonium, Acaulospora laevis, Gigaspora margarita и некоторых дру­гих, а также в образуемых ими спорах присутствуют структуры, напоми­нающие бактерии. Таким образом, можно уже говорить о тройственном бактерио-грибо-растительном взаимодействии. «ВАМ – облигатные симбионты, их не удается выращивать на искусственных средах».

Микориза – наиболее широко распространенный тип РМС, кото­рый растения форми­руют с грибами, колонизирующими корни и другие подземные органы, и при этом часть микобионта (грибного партне­ра) находится внутри растения, а другая часть – в почве. Разделение микобионта на внутри- и внекорневую части отражает его ключевую функцию посредника между растением и почвой. В природных фитоценозах, где происходит жесткая конкуренция за почвенное питание, самостоятельное выживание растений сильно затруднено, что позво­ляет рассматривать зависимость большинства растений от микориз­ных грибов как экологически облигатную. Эта функция имеет глобальное экологическое значение, так как лишь некоторые растения (например, эфемерные и водные формы) могут самостоятельно удовлетворять свои потребности в минеральном питании и воде. При искусственной подаче полного минерального питания (например, в условиях гидро­поники) большинство растений способно проходить полный цикл развития без микоризы. У орхидных растений (Orchidaceae) эта зависимость является еще более глубокой, так как они не могут проходить нормальное раз­витие без грибов, необходимых для прорастания семян, эмбриогенеза и питания лишенных хлорофилла проростков.

В ходе образования ЭМ партнеры синтезируют ряд новых белков, которые служат индикаторами дифференциальной экспрессии генов, определяемой обменом партнеров моле­кулярными сигналами. Наи­более изучены гидрофобины – небольшие цистеин-богатые белки, которые накапливаются в гифах, контактирующих с растительными клет­ками, а также в плодовых телах гриба. Другая группа грибных бел­ков, специфически синтезируемых при симбиозе, получила название SRAP (symbiosis-regulated acid proteins). Гены, кодирующие структуры гидрофобинов и SRAP, транскрипционно активируются при форми­ровании ЭМ, однако в чистой культуре грибов активации этих генов раститель­ными экссудатами добиться не удалось [50].

При развитии ЭМ (как и в случае AM) в корнях растений выявляет­ся ряд локальных защитных процессов, включая накопление фенолов и флавоноидных фитоалексинов, а также литических ферментов. Од­нако эти реакции являются намного более слабыми, чем при внедре­нии патогенов, и не приводят к подавлению жизнедеятельности грибов, а к специфичной для микоризы организации их развития в тканях кор­ня, а также к координации биохимических процессов, происходящих при клеточных контактах партнеров [49].