Грибы, как и бактерии, вступают с растениями в симбиотические (мутуалистические) отношения. Партнерами такого симбиоза являются в первую очередь высшие грибы, а со стороны растений – небобовые растения, в том числе многолетние древесные растения. Речь идет о микоризообразовании. Микориза – наиболее широко распространенный тип РМС, который растения формируют с грибами, колонизирующими корни и другие подземные органы, и при этом часть микобионта (гриб­ного партнера) находится внутри растения, а другая часть – в почве. Разделение микобионта на внутри- и внекорневую части отражает его ключевую функцию посредника между растением и почвой. В природ­ных фитоценозах, где происходит жесткая конкуренция за почвенное питание, самосто­ятельное выживание растений сильно затруднено, что позволяет рассматривать зависи­мость большинства растений от ми­коризных грибов как экологически облигатную. Эта функция имеет глобальное экологическое значение, так как лишь некоторые растения (например, эфемерные и водные формы) могут самостоятельно удов­летворять свои потребности в минеральном питании и воде. При искус­ственной подаче полного минерального питания (например, в условиях гидропоники) большинство растений способно проходить полный цикл развития без микоризы.

В таких отношениях гриб использует растение как источник пита­тельных веществ, не вызывая его заболевания. Для гриба, установивше­го связь с растением, существенно снижается конкурентное давление со стороны других микро- и макроорганизмов. В свою очередь, гриб способствует обеспечению растения соответствующими питательны­ми веществами, в первую очередь фосфором, азотом и калием, а также и влагой. Гриб «защищает» инфицированное растение от реальных фи­топатогенов, в частности от грибов Fuzarium, способствует выработке у него устойчивости к токсинам и др. Такое явление называют «инду­цированной устойчивостью» (ISR).

Различают эктотрофную и эндотрофную микоризу. Эктомикоризные грибы (из аскомицетов – трюфели, из базидиомицетов – болетовые, сыроежки, паутинник и др.) на корнях растений образуют внеш­ний покров до 40 мкм толщиной. Гифы проникают в межклеточное пространство тканей корней, но не в клетки. В случае эндотрофной микоризы – это, как правило, представители несовершенных грибов, их мицелий проникает внутрь тканей и клеток корня. Такой тип ми­коризы часто образуется с растениями семейств вересковых, орхид­ных и др.

Микоризные грибы занимают уникальную экологическую нишу, связывая внешнюю окружающую среду и внутреннюю среду растений. Будучи многоклеточными эукари­ота­ми, микоризные грибы претерпе­вают специфичный для симбиоза морфогенез и образуют структуры, которые не развиваются без взаимодействия с хозяином. Основываясь на строении внутрикорневой части микобионта, микоризные симбио­зы разделяют на эндомикоризы (гриб проникает в растительные клет­ки, внутри которых образуются особые структуры, обеспечивающие максимально тесные клеточные контакты партнеров) и эктомикоризы (распространение гриба ограничено межклеточными пространствами). Универсальной формой эндомикоризы является арбускулярная микориза (АМ), формируемая подавляющим большинством (80–90 % видов) назем­ных растений. Эктомикоризы (ЭМ) ограничены деревянистыми и ку­старниковыми формами цветковых.