Универсальная стратегия, которой следует большинство РМС, включает сигнальное взаимодействие растений с микробами, их обмен метаболитами, а также развитие специ­ализированных для симбиоза клеточных и тканевых структур. Обмен сигналами является процес­сом, играющим ключевую роль во всех симбиозах и определяющим перекрестную регуляцию и координированную экспрессию генов партнеров.

Функционально и генетически интегрированные симбиозы возник­ли и эволюци­они­ровали, в первую очередь, как системы для восприя­тия, преобразования, хранения, а в ряде случаев – и для наследования сигнальной информации, получаемой от партнеров.

Высокая зависимость растений от этих взаимодействий отражается насыщенностью их геномов последовательностями ДНК, кодирующи­ми предполагаемые рецепторы для сигналов, получаемых от микро­симбионтов.

Процесс инфицирования начинается с адгезии клеток бактерий на поверхности корневых волосков. Корневые волоски бобовых про­дуцируют особые вещества – хемо­аттрактаты для бактерий. К таким соединениям относятся флавоноиды и изофлавоноиды. В процессе узнавания принимают участие лектины, способствующие прикрепле­нию бактерий к корневым волоскам. Флавоноиды и изофлавоноиды индуцируют экспрессию бактериальных nod-генов, которые отвечают за синтез веществ, называемых Nod-факторами, обеспечивающих межвидовое взаимодействие. В настоящее время известно более 24 веществ, продуктов экспрессии nod-генов, большинство из них ферменты. Ком­понент корневых экссудатов, аминокислоту триптофан, ризобии спо­собны трансфор­мировать в индолилуксусную кислоту. ИУК по своей природе является ростовым гормоном, стимулирующим рост расти­тельных клеток.

В месте выделения экссудатов (кончик корневого волоска) имеет место и повышенное скопление бактерий, следовательно, и повышен­ное выделение ИУК. Это ведет к более активному росту поверхностных клеток корневого волоска, в результате чего корневой волосок закручи­вается, а бактерии оказываются как бы внутри спирали. В процессе уча­ствует и фермент полигалактуроназа, который может синтезироваться как бактериями, так и растением. Этот фермент, гидролизуя пектины, размягчает поверхностные покровы волоска. Бактерии, проникая через корневые волоски внутрь клеток растения, формируют инфекцион­ную нить, которая, развиваясь в кортексе корня, активно инфицирует его тетраплоидные клетки. Клетки ризобий, выходя из инфекционной нити, теряют свою первоначальную палочковидную форму, и в этом состоянии их называют бактероидами.