Микробно-растительные взаимодействия являются основой поддер­жания жизни на планете, которые начали складываться задолго до по­явления человека. Пресноводные и морские макро- и микроскопиче­ские растения колонизируются микроорганизмами. Их взаимодействия определяются региональными условиями – почвой, воздушной средой и водной средой. Если рассматривать круговорот в природе, то расте­ния поставляют кислород и продукты питания для человека, животных и существенной части микромира, а микроорганизмы осуществляют возврат питательных веществ, разрушая как отмершие растения, так и зачастую живые.

Эволюционно микроорганизмы – более древние живые существа, чем растения. Бактерии возникли ранее 5 млрд лет назад (архей), одно­клеточные растения и водоросли появились в протерозое (1,6 млрд лет назад), а первые микроскопические наземные водоросли, вероятно, возникли на границе протерозоя и палеозоя (0,6–0,5 млрд лет назад). В раннем девоне (около 0,4 млрд лет назад) высшие растения были уже весьма разнообразны и имели корни и зачатки сосудов. Грибы, как предполагается, возникли в кембрии, т. е. как минимум 0,6 млрд лет назад. Состав микробиоценоза не является одинаковым, а зависит от ус­ловий окружающей среды в данном регионе. Взаимодействие микро­организмов и растений приводит к возникновению «микробно-растительных комплексов» в различных экологических регионах. Много­численные исследования в различных точках земного шара показали, что везде существуют микробно-растительные комплексы, но которые отличаются по составу в зависимости от окружающей среды. В течение продолжительного периода совместного сосуществования сложилась модель, которая включает механизм защиты растений от действия фитопатогенных микроорга­низмов. Весьма эффективный биоконтроль фитопатогенов может осуществляться микро­организмами, создающими защитные барьеры на поверхности корней. Наиболее часто эту роль вы­полняют агенты бактерии рода Pseudomonas (P. fluorescens, Р. chlororaphis, Р. corrugata, Р. putida), а также некоторые виды Serratia (S. marcescens) и Bacillus (В. cereus, В. subtilis). Эти микроорганизмы объединены в груп­пу PGPR (Plant Growth Promoting Rhizobacteria). Они предотвращают ин­фицирование растений патогенными грибами (Fusarium, Trichoderma, Verticillium) с использованием разнообразных механизмов [39].