Микроорганизмами – индикаторами вторичного заражения считают уксуснокислые бактерии Acetobacter pasteurianus и Gluconobacter frateurii, которые образуют слизистые капсулы. Эти капсулы защищают микроорганизмы, инфицирующие пиво, от высыхания и действия дезинфектантов. В частности, под прикрытием этих капсул развиваются молочнокислые бактерии. Кроме того, в них могут размножаться такие облигатные анаэробы, как Pectinatus и Megasphaera, которые потребляют молочную кислоту, образуемую молочнокислыми бактериями. Развитию этих анаэробов способствует также повышение рН, вызванное автолизом клеток.
К микроорганизмам – индикаторам вторичного заражения также относят дрожжи родов Candida, Hansenula, Pichia, Brettanomyces, Rodotorula и плесневые грибы родов Aureobasidium, Dimatium и Geotrichum.