В природе существуют разные и нередко довольно сложные связи между микроорганизмами. Каждая группа организмов в процессе эво­люции должна была приспособиться не только к неживой природе, но и к другим окружающим ее организмам. Естественно, что создалось множество партнерских отношений между микроорганизмами, жи­вотными и растениями.

Нейтрализм – это когда две популяции живут на одной террито­рии и не оказывают друг на друга никакого воздействия, т. е. взаимо­действие между ними отсутствует.

Конкуренция, или антагонизм, – тип взаимоотношений, при ко­тором для двух особей или видов не имеется достаточного количес­тва ресурса среды. Использование ресурса одной особью или одним видом уменьшает потребление его другим, рост и выживание кото­рого определяются его недостатком. Межвидовая конкуренция может привести либо к замещению одного вида другим, либо к переселению одного вида в другое место, либо к использованию другой пищи.

Антагонизм широко распространен среди различных групп мик­роорганизмов. Его можно обнаружить у бактерий и актиномицетов, грибов, водорослей и других групп. Образование белков, токсичных для других организмов, известно у головневых грибов, плесневых грибов и бактерий. Вещества, которые синтезируют дрожжи, угнетающие или полностью подавляющие развитие других микроорганизмов (штаммов видов и даже родов), принято называть киллерными токсинами, или микоцинами. Штаммы дрожжей, выделяющие микоцины, особенно тщательно изучены у сахаромицетов, поскольку являются причиной порчи пива и вин. Литературные данные свидетельствуют, что в ос­новном эффект микоцина специфичен. Самый узкий спектр дейст­вия имеют токсины сахаромицетов. Токсин в некоторых случаях мо­жет иметь широкий спектр действия на различные виды дрожжей. Например, Hansenula saturnus CY38-4-2 губит Zygosaccharomyces bailii, Saccharomyces cerevisiae, некоторые штаммы Candida albicans, Candida krasei, Kluyveromyces phaffii и Hansenula sp. Наиболее широким спектром действия обладают токсины, продуцируемые дрожжами не­сахаромицетами p. Hansenula, Candida, Kluyveromyces и другими.

Хищничество – одна из наиболее распространенных связей в со­обществе. Хищничеством называют такие отношения, при которых особи одного вида поедают особей другого вида. Например, хищ­ные насекомые (хищные жуки, муравьи) поедают растительноядных насекомых. Растение-хищник росянка поедает мелких насекомых. Хищничество практически никогда не приводит к полному истреб­лению жертвы. Хищники, истребляя наиболее ослабленных осо­бей, поддерживают состав и численность популяции на оптималь­ном уровне.

Паразитизм – такая форма связи в популяциях, при которой па­разит получает необходимые питательные вещества от организма хо­зяина, принося ему вред, но не вызывая немедленной гибели. Па­разитами могут быть грибы, животные, растения. Различают экзо- и эндопаразитов. Первые поселяются снаружи тела хозяина (вши, ко­мары, клещи). Вторые обитают внутри тела хозяина (вирусы, пато­генные бактерии, паразитические черви). Существуют растения, па­разитирующие на других растениях и не способные к фотосинтезу (повилика, петров крест).

Симбиоз – тесное сожительство двух различных организмов. Го­воря о пользе, извлекаемой партнерами из симбиоза, можно выде­лить несколько вариантов: 1) сожительство создает благоприятные моменты для обоих партнеров (взаимовыгодный симбиоз – муту­ализм); 2) выгоду извлекает только один из партнеров по симбиозу, а второму партнеру такое соседство безразлично – комменсализм.

Различными могут быть и пространственные отношения между партнерами. Если один партнер находится вне клеток другого, гово­рят об эктосимбиозе, а если внутри клеток – речь идет об эндосимбиозе. Более крупного из партнеров обычно называют хозяином.

При взаимовыгодном эндосимбиозе микробные симбионты живут внутри клеток своих хозяев. Во многих ассоциациях микроорга­низмы переходят к постоянному внутриклеточному существованию и передаются по наследству. В других ассоциациях микроорганизмы со­храняются внутри клеток хозяина некоторое время, а затем выходят, чтобы инфицировать следующую генерацию клеток-хозяев.

При мутуалистическом эктосимбиозе возможны ситуации:
1) когда симбионт микробного происхождения живет на внешней поверх­ности хозяина (фото- и нефотосинтезирующие бактерии);
2) микро­организмы обитают в полости тела своего хозяина (микробиота ки­шечника человека).