Физиология — наука о жизненных функциях организма: питании, дыхании, росте, развитии, взаимодействиях с окружающей средой.

Знание физиологии микроорганизмов дает возможность регулировать их жизнедеятельность, ориентироваться во взаимоотношениях между различными микроорганизмами, влиять на микробиологические процессы при переработке и хранении различных продуктов.

Микробы, являясь довольно однообразными по морфологии организмами, имеют очень разнообразную физиологию. Особенно велико разнообразие в питании и дыхании, которые являются основными процессами непрерывно осуществляющегося обмена веществ живых организмов с внешней средой. Питание и дыхание находятся в тесной взаимозависимости и происходят одновременно. В благоприятных для микроорганизмов условиях обмен протекает очень быстро.

В процессе обмена часть веществ пищи ассимилируется микробами, т. е. используется для построения их тела. При этом увеличивается биомасса и восстанавливаются разрушенные или поврежденные структуры клетки. Другая часть питательных веществ окисляется, освобождая необходимую для жизни энергию.