В электронном микроскопе вместо света для построения изображения используют поток электронов в глубоком ваку­уме.

В качестве "линз", фокусирующих электроны, служит электромагнитное поле, создаваемое электромагнитными ка­тушками. Изображение в электронном микроскопе наблюдают на флюоресцирующем экране и фотографируют. Объекты при электронной микроскопии находятся в глубоком вакууме, поэ­тому подвергаются фиксации и специальной обработке. Кроме того, они должны быть очень тонкими, так как поток электро­нов сильно поглощается объектом. В связи с этим в качестве объектов используют ультратонкие срезы толщиной              20–50 нм, помещенные на тончайшие пленки. Разрешающая способность электронных микроскопов значительно выше, чем световых, и достигает 1,5 А (0,15 нм), что позволяет получить полезное увеличение в миллионы раз.

Наиболее широко применяются просвечивающая (транс­миссивная) и сканирующая электронная микроскопия.

Просвечивающую электронную микроскопию используют для изучения ультратонких срезов микробов, тканей, а также стро­ения мелких объектов (вирусов, жгутиков и др.), контрастированных фосфорно-вольфрамовой кислотой, уранилацетатом, на­пылением металлов в вакууме и др.

Сканирующая электронная микроскопия применяется для изучения поверхности объектов.