Многочисленные типы симбиоза, возникшие в процессе эволюции, показывают, что симбионты выполняют ряд функций – это защита, предоставление благоприятного положения, обеспечение аппарата узнавания и питания.
Защита. Эндосимбионты, а также те эктосимбионты, которые живут в полостях тела, защищены от неблагоприятных условий среды. Например, нормальная микробиота кишечника человека предохраняет от внедрения и развития в нем патогенных микроорганизмов. Дрожжи и молочнокислые бактерии, используемые в производстве кваса, также вступают во взаимовыгодные отношения на первых этапах сбраживания квасного сусла. Молочнокислые бактерии, синтезируя молочную кислоту, создают благоприятные условия для дрожжей вследствие снижения рН среды, а продукты жизнедеятельности дрожжей – витамины – стимулируют жизнедеятельность бактерий.
Предоставление благоприятного положения. Чаще всего одному партнеру (или нескольким партнерам) предоставляется более благоприятное положение в отношении снабжения питанием. Так, разные виды морских инфузорий находятся на поверхности тела ракообразных, где потоки веществ, создаваемые в результате дыхания и питания хозяина, обеспечивают им постоянное снабжение пищей.
Обеспечение аппарата узнавания (сигнальная функция). Это происходит, например, в случае биолюминесценции, которая была зафиксирована у медуз, земляных червей, кальмаров и рыб. Излучение света этими животными, по-видимому, служит своего рода приспособлением для распознавания, способствуя собиранию их в стаю, спариванию или привлечению добычи. В большинстве случаев люминесценция возникает в тканях самого животного, но у определенных видов кальмаров (каракатицы) и некоторых рыб ее осуществляют светящиеся бактерии, живущие как эктосимбионты в особых органах хозяина.
Обеспечение питания. Это наиболее общая функция симбионтов. Обеспечение может быть косвенным, как в случае грибов. Контаминируя корни растений, они увеличивают водопоглощающую способность корневой системы. Однако чаще всего снабжение пищей является прямым. Это происходит в рубце животных. Целлюлоза, которая является главным компонентом растений, не переваривается ферментами животных, и ее расщепление осуществляют симбиотические бактерии и простейшие, которые обитают в рубце. В данном случае питательными веществами снабжаются оба симбионта.